Pour faire fonctionner les rewrite_rules pour les alias de domain comme avant sur online.net, il faut mettre un fichier .htaccess à la racine de son site.
Dans le fichier, il faudra mettre les règles de réécriture ci-dessous en remplacant DOMAIN par votre alias DOMAIN_REP par le sous repertoire dans lequel il se trouve :
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} DOMAIN$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/DOMAIN_REP/.*$
RewriteRule ^(.*)$ /DOMAIN_REP/$1